Il existe environ 75.000 espèces scientifiquement identifiés des champignons , avec des scientifiques croyants, il peut y avoir jusqu'à un million d'espèces fongiques non encore identifiés. Comme des espèces différentes peuvent regarder la même superficiellement, les classer avec précision est difficile, et nécessite habituellement l'utilisation d'outils moléculaires tels que l'ADN séquençage. Comme séquençage de l'ADN est encore relativement coûteux, même pour les champignons dont le génome est beaucoup plus courts que les mammifères, il sera probablement plusieurs décennies avant que la majorité sont classés avec certitude.
Les types courants comprennent les moules - qui poussent dans les brins appelés hyphes, champignons - fructifications de colonies de champignons et les levures - le nom de tous les champignons unicellulaires. Cependant, ce sont les grandes lignes, et moisissures, les levures et les champignons peuvent être trouvés dans plusieurs catégories taxonomiques.Classification des champignons au niveau phylums est compliquée, et est constamment remanié. Les champignons ont d'abord été classés à tort comme des plantes, mais des enquêtes ultérieures ont constaté qu'ils ont effectivement plus de points communs avec les animaux. Comme les plantes et les animaux, ils sont des eucaryotes.
Phylogénétique, il y a sept phylums des champignons. Le premier est le Chytridiomycètes ou chytrides, la forme la plus primitive, avec environ 1.000 espèces identifiées. Ceux-ci produisent les spores avec flagelles (zoospores), et vont après les amphibiens, le maïs, la luzerne, les pommes de terre, et d'autres organismes vulnérables. Ce sont les plus représentatifs des types qui ont vécu tout au long de l'ère paléozoïque, étant essentiellement aquatique.
Blastocladiomycota est le deuxième phlya, seulement créé comme une catégorie distincte en 2007. Comme les chytrides, ils utilisent zoospores se reproduire, et parasitaires de tous les grands groupes eucaryotes. La troisième phylums, Neocallimastigomycota, sont des champignons anaérobies qui occupent principalement les estomacs des ruminants. Leur nom contient le suffixe grec se référant aux fouets, - mastix , pour leurs nombreux flagelles.Les deuxième et troisième phylums ont tous deux initialement à tort comme chytrides.
Le quatrième phylums sont les Zygomycota plus familier, nommé pour les spores sphériques robustes qu'ils produisent. Si vous voyez un champignon avec de minuscules points aux extrémités des hyphes (filaments), c'est Zygomycota. Il y a plus de 600 espèces de ce genre, et il comprend moule à pain noir, l'un des plus fréquemment observé par les humains. Une autre est Pilobolus, qui est capable d'éjecter des spores de plusieurs mètres dans l'air.
Le cinquième phylums sont les Glomeromycota, connu sous le nom de mycorhizes (AM) arbusculaires. Fondamentalement, ce terme signifie «champignons d'arbres." Ils peuvent être trouvés en grand nombre dans les racines de plus de 80% des familles de plantes vasculaires. Cette relation est symbiotique et ancienne, remontant au moins 460 millions d'années, au début de la vie végétale sur terre.
La sixième phylums sont les Ascomycota, connu sous le nom champignons de sac. Ceux-ci font sacs sphériques distinctes pour tenir leurs spores, et contiennent la plupart des espèces de tous les embranchements. Les exemples incluent Penicillium , morilles , truffes, de Baker la levure , les lichens, oïdium, et bien d'autres. Beaucoup de ces embranchements sont pathogènes des plantes.
La septième phylums sont le phylum, ou les champignons du club. Ce groupe contient des champignons les plus communs. Il se distingue par la présence d'une structure productrice de spores appelé basidium, plus communément connu comme un bouchon. Avec Ascomycota, ils sont connus comme champignons supérieurs.
